Bệnh viện đa khoa Chân Mây được đưa vào hoạt động chính thức từ tháng 3 năm 2013 với vai trò là bệnh viện hạng III, tuyến tỉnh. Tuy nhiên, trong gần 10 năm hoạt động, bệnh viện luôn đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức khiến công tác khám chữa bệnh không đạt các chỉ tiêu đề ra; hệ thống thiết bị, cơ sở vật chất ngày càng xuống cấp.  

Theo quyết định 751 ngày 8/8/2021 của UBND tỉnh TT Huế, Bệnh viện Đa khoa Chân Mây sát nhập vào Trung tâm y tế huyện Phú Lộc. Hiện nay, đơn vị đang từng bước khắc phục khó khăn, nỗ lực nhằm đưa các hoạt động khám chữa bệnh thường quy trở lại bình thường.